Σύμφωνα με την Παράδοση, όταν ο Ηρώδης διέταξε τη σφαγή των νηπίων κάτω των δύο ετών στην περιοχή της Βηθλεέμ, η Ελισάβετ, συνειδητοποιώντας τον θανάσιμο κίνδυνο που διέτρεχε το μικρό της βρέφος, πήρε στην αγκαλιά της τον Ιωάννη και έφυγε στο βουνό για να το σώσει από τους στρατιώτες του Ηρώδη που την κυνηγούσαν να το σκοτώσουν.

Φθάνοντας στη ρίζα του βουνού, και μη μπορώντας να προχωρήσει περαιτέρω για να σωθεί, παρακάλεσε τον Θεό να την σώσει και φώναξε: «Όρος Θεού! Δέξαι τη μητέρα και το παιδί!». Τότε, άνοιξε το βουνό και βρέθηκε η Ελισάβετ πίσω από το βουνό. Οι στρατιώτες που την κυνηγούσαν την έχασαν.

Κατά τον άγιο Νικόδημο τον Αγιορείτη, η Ελισάβετ κρύφτηκε μέσα σε σπήλαιο. Εν τω μεταξύ, ο Ηρώδης έψαχνε για τον Ιωάννη. Έστειλε στρατιώτες στον Ζαχαρία, τον πατέρα του Ιωάννη.

– Πού έκρυψες το παιδί; (του είπαν)

– Εγώ είμαι λειτουργός του Υψίστου, δεν γνωρίζω πού είναι ο γιος μου.

Ο Ηρώδης από τον θυμό του, διότι ο υιός του Ζαχαρία Ιωάννης διέφυγε τη σφαγή, διέταξε να σκοτώσουν τον Ζαχαρία, πράγμα που έγινε μεταξύ του ναού και του θυσιαστηρίου (Ματ. 23, 25).