Στις 4 Νοεμβρίου του 1254 μ.Χ., ο ευσεβής αυτοκράτορας της Νίκαιας Ιωάννης ο 3ος ο Βατάτζης παρέδωσε εν ειρήνη την ψυχή του στα χέρια του Θεού. Το τίμιο λείψανό του ενταφιάσθηκε στο Μοναστήρι του Σωτήρος Χριστού, που είχε κτίσει ο ίδιος στο Νυμφαίο της Βιθυνίας.

Στα επόμενα χρόνια, δια αποκαλύψεως, ο ίδιος ο Ιωάννης ζήτησε να μεταφερθεί το λείψανό του στη Μαγνησία της Μικράς Ασίας. Όταν μετά από επτά χρόνια άνοιξαν τον τάφο του, μία γλυκιά ευωδία απλώθηκε τριγύρω. Έκπληκτοι διαπίστωσαν όλοι ότι το σώμα του ήταν άφθαρτο, σαφές δείγμα αγιότητας. Δεν είχε κανένα απολύτως σημείο που να φανερώνει ότι ήταν νεκρός. Το χρώμα του σώματος ήταν όπως κάθε φυσιολογικού ανθρώπου, ακόμη και αυτά τα ρούχα του είχαν διατηρηθεί επί επτά χρόνια άφθορα και έμοιαζαν σαν να τα είχαν ράψει εκείνη τη στιγμή. Έτσι αντιδοξάζει ο Θεός εκείνους που τον δοξάζουν στη γη. Ο βιογράφος του Αγίου μαρτυρεί πως χριστιανοί που προσέφευγαν σε εκείνον ανταμείβονταν θαυμαστά. Στο ιερό λείψανο ασθένειες θεραπεύονταν, διώκονταν δαίμονες.

Ο ιστορικός της εποχής αναφέρει ακόμα ότι επί βασιλείας του Ανδρόνικου του Παλαιολόγου, κατά τις επιδρομές των Τούρκων στη Μαγνησία, ο καστροφύλακας παρατήρησε πολλές φορές μία αναμμένη λαμπάδα να περιφέρεται στα τείχη. Έστειλε ανθρώπους του να ερευνήσουν το φαινόμενο μα δεν τα κατάφεραν. Τέλος εστάλη ο κωφάλαλος αδελφός του καστροφύλακα. Σε αυτόν έγινε η αποκάλυψη και επιστρέφοντας του δόθηκε και η θεραπεία. Και έτσι διηγήθηκε ότι στο μέρος εκείνο που φαινόταν το φως της λαμπάδας, βρήκε έναν άνδρα μεγαλοπρεπή με βασιλικό παράστημα, ο οποίος μεγαλοφώνως προέτρεπε τους χριστιανούς να συνεχίσουν την άμυνα. Τη μορφή αυτή την αναγνώρισε στο ιερό σκήνωμα του αγίου βασιλέως Ιωάννη Βατάτζη. Από τότε αναγνωρίσθηκε ως Άγιος και η μνήμη του ορίσθηκε να τιμάται στις 4 Νοεμβρίου.

Ο θρύλος του μαρμαρωμένου Βασιλιά: Το άφθαρτο λείψανο του Αγίου μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη, που είχε ήδη ελευθερωθεί από τους Φράγκους. Εκεί το τύλιξε ο θρύλος του μαρμαρωμένου Βασιλιά. Κατά την άλωση της Πόλης από τους Τούρκους, το 1453, κρύφθηκε σε κάποια κατακόμβη. Από τότε καρτερεί την απελευθέρωση της Βασιλεύουσας.

Ακόμη ο θρύλος λέει, ότι μαζί του ο Άγιος βασιλέας έχει τη σπάθη του μέσα στο θηκάρι της. Κάθε χρόνο η λεπίδα του σπαθιού ξεπροβάλλει μερικά χιλιοστά, μέχρι που να φθάσει η στιγμή να ξεπροβάλλει ολόκληρη. Τότε θα έχει έρθει και η ώρα που καρτερεί η Ρωμιοσύνη, να πάρει, δηλαδή, την Κωνσταντινούπολη.

Όλοι αυτοί οι θρύλοι και οι προφητείες ηχούν παράξενα στα αυτιά μας. Όπως και να έχει όμως. οφείλουμε να τις εκλάβουμε ως βάση αξιολόγησης της προσωπικής αξίας του αγίου Ιωάννη του Βατάτζη του Ελεήμονος, του μαρμαρωμένου βασιλιά της Ρωμιοσύνης. Βάση που συντελεί ώστε να τον ακολουθούν αιώνες αιώνων αναδεικνύοντας δια της αφθαρσίας του τιμίου λειψάνου και την αιωνιότητα της μνήμης του και επαληθεύοντας το λόγο της Αγίας Γραφής ότι ο ελεήμων «ἐκ θανάτου ρύεται» (Τωβίτ 4, 10).